Στη θέση της σημερινής εκκλησίας του Αγίου Νικολάου υπήρχε αρχικά ένας μικρός ναός, κτισμένος σε ένα ύψωμα που δέσποζε στην περιοχή. Μπροστά του βρισκόταν η πλατεία Αμαλίας, μια από τις παλαιότερες της πόλης.

Θεμελιώθηκε το 1844, με εθελοντική εργασία των  Υδραίων. Το 1844 εγκαινιάστηκε ο επόμενος ναός στο ίδιο σημείο, χρηματοδοτούμενος πάλι από τους Υδραίους, οι οποίοι εφάρμοσαν τα σχέδια του δημοτικού μηχανικού Lorenzen.